Die Johanneskirche trägt ihren Namen nach dem Evangelisten Johannes und nach Johannes, dem Täufer, denen die Thomäkirche, die ehemalige Minoriten-Klosterkirche am Predigerseminar, als Patronen geweiht war.
Als Grundriss hat dieses Gotteshaus von den Architekten Walter und Wyland Kuschel, Hagen, ein gestrecktes Sechseck erhalten. Die Holzdecke ist an den Seiten wie ein Zeltdach tief heruntergezogen. "Das Bauwerk soll", so heißt es in der Grundsteinurkunde, "dem religiösen Grundgefühl unserer Zeit, der Sehnsucht nach Geborgenheit Ausdruck verleihen." Das Dach liegt nicht unmittelbar auf den Außenmauern auf, sondern ruht auf kleinen 1,50 m hohen Säulen. Der so entstandene Zwischenraum wird ausgefüllt durch das rund um die Kirche verlaufende, insgesamt 70 m lange Fensterband. In abstrakten Formen, Linien und Farben hat der Soester Kunstmaler Hans Kaiser Kirchenfenster geschaffen, die der Johanneskirche ein unverwechselbares Gepräge geben. Die Lichtwirkung des Fensterbandes ist unterschiedlich: Dunkle Zonen über der Empore, Aufhellung an den Seiten, kräftige, leuchtende Farben über dem Altar. Es ist nicht ganz leicht, in den vielfältigen Farben und Formen Worte und Gedanken aus dem 1. Kapitel des Johannes-Evangeliums wiederzuerkennen, womit Hans Kaiser sich bei der Gestaltung der Fenster beschäftigt hat. Das linke Fenster über der Altarrückwand enthält 10 weiße, weit vorstehende Steinkomplexe, die die 10 Gebote symbolisieren. Dieses Fenster ist nicht von ungefähr über demTaufstein angeordnet; denn die Taufe ist der Anfang eines neuen Lebens im Gehorsam gegen die göttlichen Gebote. Der Täufling empfängt in der Taufe das göttliche Siegel, das im Fenster dargestellt ist durch einen grünlichen Punkt mit fünf orangefarbenen Zacken. "Wie viele ihn aber aufnahmen, denen gab er Macht, Gottes Kinder zu werden, die an seinen Namen glauben." (Joh. 1, 12). Das rechte Fenster über der Altarrückwand, das sich über der Kanzel befindet, ist in leuchtenden roten Farben gehalten. Man kann dabei denken an den Anfang des Johannes-Evangeliums: "Im Anfang war das Wort, und das Wort war bei Gott, und Gott war das Wort." (Joh. 1,1).
Die Bronzeplastiken auf dem Altar und an der Kanzel sowie die Griffe am Portal stammen von dem Bildhauer Fritz Viegener, Möhnesee.
Der Altaraufsatz zeigt Christus am Kreuz. Die Arme des Gekreuzigten sind weit nach unten durchgebogen, als trügen sie eine schwere Last. "Siehe, das ist Gottes Lamm, das der Welt Sünde trägt." (Joh. 1, 29). Sonne und Mond, die in der Todesstunde Jesu ihren Schein verloren, sind rechts und links unter den Armen des Gekreuzigten angeordnet. Gerade auch in seiner Ohnmacht bleibt Christus der Herr Himmels und der Erde. Am unteren Rand des Altaraufsatzes sind die Symbole der vier Evangelisten zu erkennen.
Die Seitenwände der Kanzel zeigen Ähren und Weintrauben, die Symbole des Abendmahls, zu-gleich ein Hinweis auf zwei Ich-bin-Worte des Johannes-Evangeliums: "Ich bin das Brot des Lebens ... (Joh. 6, 35). Ich bin der Weinstock, ihr seid die Reben ... (Joh. 15, 5). Daß die Symbole des Abendmahls nicht dem Altar, sondern der Kanzel zugeordnet sind, macht deutlich, daß die Verkündigung des Wortes Gottes und die Feier des Abendmahls zusammengehören. In dem freistehenden, 27 m hohen Kirchturm mit dem 4 m hohen Kreuz hängen vier Glocken, versehen mit Inschriften aus dem Johannes-Evangelium und dem 1. Johannesbrief.
Das Vordach über dem Haupteingang wurde im Jahr 2007 zum Schutz der bronzenen Eingangstür errichtet. Der damalige Baukirchmeister und Dipl.-Bauingenieur Wolfram Schönbrunn hat bei der Konstruktion die Zeltform des Kirchengebäudes fortgeführt. Eine helle Beleuchtung sorgt auch zu dunklen Tages- oder Jahreszeiten für einen sicheren und freundlichen Zugang zur Kirche.
Möge die Johanneskirche, die 240 feste Plätze hat und in besonderen Gottesdiensten mit einer Extrabestuhlung bis zu 400 Gottesdienstbesucher aufnehmen kann, auch in Zukunft für die Gemeinde im Soester Süden ein Ort der Sammlung und Sendung sein im Sinne des Jesuswortes, das in der Grundsteinurkunde steht, Joh. 15,5:
»Ich bin der Weinstock, ihr seid die Reben. Wer in mir bleibt und ich in ihm, der bringt viel Frucht, denn ohne mich könnt ihr nichts tun.«